Ένας πολύ σημαντικός παράγοντας επιτυχίας της εξωσωματικής γονιμοποίησης είναι η μεταφορά και εμφύτευση του εμβρύου σε ένα φιλικό προς αυτό περιβάλλον ενδομήτριο. Ακόμη και μετά από φυσιολογική σύλληψη το έμβρυο πρέπει να προσκολληθεί στο ενδομήτριο για να εμφυτευτεί και να επιτευχθεί βιώσιμη εγκυμοσύνη.

Σε ορισμένες περιπτώσεις, η τεχνική της υποβοηθούμενης εκκόλαψης μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να βελτιώσει τις πιθανότητες εμφύτευσης των εμβρύων. Η έξω στιβάδα του εμβρύου (διαφανής ζώνη) έχει πολύ σημαντικό ρόλο στην διαδικασία. Ρυθμίζει τη γονιμοποίηση επιτρέποντας μόνο ένα σπερματοζωάριο να διεισδύσει στο ωάριο. Ακόμη προστατεύει το έμβρυο στα αρχικά στάδια ανάπτυξης από επίθεση από τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος και βοηθά στην πρόληψη πρώιμης εμφύτευσής του όταν βρίσκεται στον ωαγωγό. Χρησιμοποιώντας τεχνικές μικροχειρισμού, η ζώνη που περιβάλλει το έμβρυο γίνεται πιο λεπτή για να ενθαρρύνει το έμβρυο να ξεκινήσει να βγαίνει προς τα έξω αυξάνοντας τις πιθανότητες για να εμφύτευση στο επιθήλιο της μήτρας. Η διαδικασία αυτή εκτελείται ακριβώς πριν από τη μεταφορά εμβρύου. Λόγω της φύσης της τεχνικής υποβοηθούμενης εκκόλαψης, υπάρχει πιθανός κίνδυνος βλάβης του εμβρύου με ρυθμό περίπου 1%.